本发明涉及深海取样技术，旨在提供一种具有时序标记功能的深海孔隙水取样器。该取样器包括渗透泵采样器、水样存储盘管、定时标记装置和孔隙水采样头，渗透泵采样器通过水样存储盘管连接孔隙水采样头；定时标记装置的耐压舱体内腔充油且与舱外的压力平衡油囊连通；舱体中设有充满硅油的标记液导管和标记液储存袋，以及分别独立密封的电路板舱、电池舱和蠕动泵舱；标记液储存袋通过标记液导管和蠕动泵接至水样存储盘管；蠕动泵的电机通过导线接至定时控制模块，形成供电控制回路。本发明能使充满硅油的标记液导管和标记液储存袋保持与外部水压保持平衡，能根据设定注入标记物硅油，从而对采集得到的水样进行时间序列上的区分。