本发明公开了一种用于水轮机量测数据的质量异常稽核方法及系统，包括：采集水轮发电机组的关系型数据和时序数据；依据所述关系型数据，获取所述时序数据的波动阈值；基于所述波动阈值，通过采集第一单位时间内的所述时序数据的变化值，对所述水轮发电机组的所述时序数据进行稽核，获取具有死值、跳变、超上下限中的一种或多种异常情况对应的数据，并进行标注；本发明提升了针对水轮机数据质量稽核的准确率，避免了因混淆正常的业务现象及传感器、链路问题所引发的数据波动而导致的误判，并且本发明整个系统的运行机制可兼顾人工知识的作用以及批量化的自动运行。