本发明属于生物医药及保健食品技术领域，具体涉及发酵制备3,5‑二羟基‑4‑甲氧基苄醇的方法及该方法的应用。用不含有3,5‑二羟基‑4‑甲氧基苄醇的生牡蛎肉，经匀浆、灭菌、降温处理后，向无菌牡蛎匀浆液中接种牡蛎肉重量的0.01％‑2.0％的乳酸菌和/或酵母菌，经升温，在31℃～45℃条件下发酵6～72h，得到含有3,5‑二羟基‑4‑甲氧基苄醇的混合液。本发明通过研究发现原本不含有3,5‑二羟基‑4‑甲氧基苄醇的牡蛎肉，通过单独或联合添加乳酸菌、酵母菌发酵后通过高温蒸煮及喷雾干燥获得含有3,5‑二羟基‑4‑甲氧基苄醇的牡蛎肽粉，能够应用于工业化规模生产。