本发明提供了一种金银纳米合金及其超洁净制备方法和应用，涉及纳米颗粒制备技术领域。本发明提供的金银纳米合金的超洁净制备方法，包括以下步骤：将四氯金酸三水合物、硝酸银和有机混合溶剂混合，得到前驱体混合液；在非接触超声场的作用下，使所述前驱体混合液进行悬浮，得到前驱体悬浮液；保持所述前驱体混合液的悬浮状态，向所述前驱体悬浮液中加入还原剂，进行还原反应，得到金银纳米合金。本发明利用非接触超声悬浮操纵技术在超洁净环境下制备金银纳米合金，能够避免引入异质形核，制备的金银纳米合金尺寸更小，粒径分布更集中，本发明制备的金银纳米合金的催化活性得到显著提高。