本发明涉及图像数据处理技术领域，具体涉及一种基于图像特征的细菌显微图像识别方法，方法包括：根据灰度差异分别获得每个病菌待测区中的菌体区和鞭毛区，根据鞭毛区的数量特征、鞭毛区的亮度特征和纹理特征获得对应病菌待测区的覆盖特征值。根据边缘角点之间的距离特征将边缘角点进行分类，获得鞭毛边缘；根据鞭毛数量比和直线拟合角获得每个病菌待测区的鞭毛分布度。将每个病菌待测区中菌体区与直线进行拟合，获得对应的直线拟合优度，最后获得对应病菌待测区的病菌显著度，根据病菌显著度获得对应病菌待测区的病菌识别情况。本发明能够提高识别的准确性，减少误差。