本发明公开了一种猪繁殖与呼吸综合征活疫苗及其制备方法，所述活疫苗通过将猪繁殖与呼吸综合征病毒2型毒株的N蛋白基因替换为Betaarterivirus属病毒的N蛋白基因得到；所述猪繁殖与呼吸综合征病毒株2型毒株为SC2012株，所述Betaarterivirus属病毒为Betaarterivirus chinrav 1，Betaarterivirus ninra，Betaarterivirus sheoin，Betaarterivirus suid 1，Betaarterivirus timiclar中的一种；制备方法包括以下工艺步骤：1)选取毒株PRRSV SC2012株F80代构建包含其基因组序列的感染性克隆载体；2)合成Betaarterivirus属病毒的N蛋白基因并替换掉PRRSV SC2012株的N蛋白基因，使用感染性克隆载体拯救出含有特殊标记的重组病毒。本发明使得构建后获得的载体具有特殊的标记位，能够解决现有技术中疫苗均不能与流行毒株感染进行有效区分的技术问题，对PRRSV的防控和净化具有重要的临床价值。