本发明提出一种井字形交叉口信号配时方法及系统，对井字形交叉口的相位进行设计，并确定相位通行规则；进行信号总周期划分；在短周期内，将车流进行划分，根据不同车流在井字形交叉口产生的总延误，建立井字形交叉口短周期内车流的加权平均延误模型，进行短周期内车流加权平均延误计算；以加权平均延误最小为目标，构建短周期的优化模型，利用智能优化算法求解最优短周期时间，进行各车流通行所需的绿灯时间的计算，并根据约束条件对绿灯时间调整；进行通行绿灯时间合并，重新计算短周期时间；进行信号总周期合并，实现井字形交叉口信号配时。本发明可有效在减小车辆通过井字形交叉口的延误，避免滞留的车辆发生溢流。