本发明公开了一种多标签时序电生理信号的自动识别方法及系统，通过采集时序电生理信号数据集，将多标签信号解码为单标签特征信号，建立正负样本训练单标签识别模型，并通过自主学习、强化学习以及单标签识别模型的特征迁移，获得多标签识别模型以及根据多标签先验概率、单标签先验概率、单标签识别模型以及多标签识别模型对待识别的多标签时序电生理信号进行自动识别，解决了对类别不平衡的多标签时序电生理信号识别准确度低的技术问题，能同时精准识别常见类别和罕见类别，从而大大提高了多标签预测的准确度。