本发明涉及一种波浪自适应船舶推进器控制系统及控制方法，该控制系统包括控制单元系统、物理单元系统及传感器单元系统；控制单元系统包括信号采集处理子系统、状态估计滤波器、控制器；物理单元系统包括绞车驱动器、绞车机构、升降平台机构、推进系统，推进系统设置在升降平台机构中的平台上，绞车驱动器通过绞车机构带动平台升降实现推进系统的升降；传感器单元系统包括浪高仪传感器、多圈绝对值编码器和陀螺仪。本发明综合利用传感器单元系统和状态估计滤波器基于卡尔曼滤波的状态估计方法实现动态运动控制，控制方法是基于螺旋桨作业深度、升降平台位置信息、船舶姿态信号的反馈控制，精确地实现螺旋桨作业深度的实时调整。