本发明公开了一种海水养殖废水中乙酰甲胺磷和磺胺甲恶唑的去除方法，包括硫自养反硝化菌群的培养、耐盐硫自养反硝化菌群的驯化、含耐盐耐药硫自养反硝化菌群的污泥的获取以及海水养殖废水的处理四个步骤。通过回收工厂烟气，将其作为耐盐耐药硫自养反硝化污泥处理海水养殖废水时的无机碳源，有助于增强硫自养反硝化污泥对硝态氮、乙酰甲胺磷和磺胺甲恶唑的去除能力，同时实现烟气的资源化利用。烟气与耐盐耐药硫自养反硝化污泥的协同作用有效实现了碳减排，显著降低废水中硝态氮、乙酰甲胺磷和磺胺甲恶唑的含量，当通入的烟气中CO2浓度为20％时，硝态氮的去除率可达到96.22％，乙酰甲胺磷的去除率可达到81.84％，磺胺甲恶唑的去除率可达到85.42％。