本发明属于配电馈线线损估计领域，公开了一种基于原子轨道搜索算法的配电馈线线损估计模型选取方法，包括：S1：构建统计线损特征和线损率数据集作为样本；S2：将样本划分为训练集和测试集；S3：将训练集作为选取的各基估计模型的输入，训练各基估计模型；S4：将各基估计模型进行加权集成，构建权重优化函数；S5：使用原子轨道搜索算法优化权重向量解，从而得到最优权重向量解；S6：采用最优权重向量解对基估计模型进行加权处理，得到最优的配电馈线模型。本发明对基于树模型的估计算法进行二次集成，通过构建以MSE最小为优化目标的优化函数，使用原子轨道搜索算法对基估计模型数量和权重进行智能化寻优，实现了配电馈线线损的高精度估计。