本发明涉及污水处理技术领域，具体涉及一种污水处理智能控制系统，系统包括：获得微生物图像及微生物图像中的边缘像素点并筛选出圆边缘像素点，进而筛选出细胞核圆心以及圆心数量，获取了聚类类别数。根据初始聚类中心的运动方向、像素点与初始聚类中心的灰度值差异和像素点位置获得每个像素点的更新置信度，进而筛选出聚类中心获得聚类类别。根据每个聚类类别内像素点与对应聚类中心像素点的特征相似性获得每个聚类类别对应的优化类别，最后根据连续帧微生物图像内特征微生物的种群数变化实现对污水处理的控制，提高聚类效果，进而对污水处理过程进行调节，提高了污水处理效果。