本发明涉及一种含多菌灵和啶酰菌胺的农药组合物、其制备方法及用途，其中：含多菌灵为10~40 mg/L、啶酰菌胺为50~200 mg/L。将质量浓度为90%多菌灵原药用0.2 mol/L的稀盐酸配成1×104 mg/L的母液，将质量浓度为95%啶酰菌胺原药用甲醇配成1×104 mg/L的母液，4℃低温保存；用0.1%的吐温20分别将上述母液配制成含多菌灵20~80 mg/L的药液和含啶酰菌胺100~400 mg/L的药液，将两者等体积混合，配制成的组合物含多菌灵为10~40 mg/L、啶酰菌胺为50~200 mg/L。本发明能防治由芽枝霉菌引起的烟草种子霉烂病，杀菌活性强、环境友好。