本发明涉及低轨卫星跟踪技术领域，尤其涉及一种无人机天线跟踪低轨卫星的方法和装置，采用经纬度观测器预估无人机相控阵终端天线的经纬度值，并进一步计算卫星相对于无人机相控阵终端天线的目标俯仰角，然后考虑经纬度观测器的估计误差建立了动态误差阈值，以进行快速逼近跟踪或精准跟踪切换控制，同时考虑了无人机相控阵终端运动过程中的不确定性，可以随时控制切换不同的跟踪方式。解决了现有技术中较少考虑无人机相控阵终端运动过程的不确定性，以及无人机相控阵终端与卫星通信稳定的问题。