本发明涉及水稻育种领域，特别是涉及一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2‑InDel、试剂、试剂盒及其应用。本发明首次发现了位于水稻第2号染色体上控制粒长的SG2的新等位变异，并获得了可用于区分野生型和突变型的插入/缺失(InDel)分子标记SG2‑InDel。该分子标记不仅可以满足在苗期就能区别水稻品种/系/单株的基因型，而且能够方便、快捷、直接地实现目标基因在水稻种质资源以及育种后代中的鉴定，极大地降低了劳动成本、节约时间且不受环境及人为因素的影响，可为进一步阐明水稻粒型遗传机制及调控网络和高产、广适性水稻品种改良提供理论和实践支持。