本发明公开了一种穿越断层隧道节段式衬砌柔性连接接头结构，包括接头本体，所述接头本体包括固定结构和橡胶接头，所述固定结构包括对称分布设置在所述橡胶接头两侧的工字钢，所述工字钢包括用于与所述橡胶接头连接的腹板和两个分别设置在所述腹板两端的翼缘。本发明基于接头结构的防水性、承载性和连接性能，使得隧道节段式衬砌能够有较好的防水能力、承载能力以及变形能力，并且具有较好的实用性和可操作性，能够较为简便的安装，并且显著提升隧道结构在地震动及断层运动下的抗错、抗断性能，能够有效的节约隧道抗震措施成本并保护人民的生命财产安全。