本发明公开了一种基于异构计算的敏感数据识别系统、方法及存储介质，该系统包括依次连接的CPU芯片、AI芯片和FPGA芯片；CPU芯片用于获取待标注业务数据，AI芯片用于根据所述待标注业务数据的业务特征判断所述业务数据所属的业务簇，并根据所述业务数据所属的业务簇对所述待标注业务数据进行标注；FPGA芯片用于通过并行处理的方式对标注后的业务数据进行敏感数据的识别。本发明实施例通过构建基于CPU+AI+FPGA的异构计算架构，利用AI芯片高效的数据处理能力对业务数据进行标注，并通过FPGA芯片对业务数据进行并行处理，提高了识别电力系统业务数据中的敏感数据的效率，突破传统软件识别性能瓶颈。