本发明公开了一种内曲线液压马达的低脉动轴配流窗口设计方法及系统，以马达输出转速脉动率最小为优化目标，选取马达轴配流窗口的优化对象和结构参数，根据多因素试验优化设计方法建立不同结构参数的马达轴配流脉动仿真模型，计算不同结构参数轴配流窗口对应马达的输出转速脉动率，选出满足优化目标的最优马达轴配流窗口的结构模型，并判断所选模型的脉动率是否满足设计要求，若不满足设计要求，则进一步优化预升压槽半径直至满足设计要求，得到对应马达轴配流窗口优化对象的结构参数。本发明能够改善轴配流窗口内油液的流动性，降低高低压切换过程中的压力冲击，减小内曲线液压马达的输出转速脉动，提高内曲线液压马达的工作平稳性。