本发明公开了一种基于北斗短报文通信的智能水文监测系统及方法，通过数据采集设备收集实时采集的水文信息数据，并整合发送到所述数据汇集设备，所述数据汇集设备将接收到的水文信息数据，根据所述数据采集设备的编号、时间、位置信息，进行分类、合并等处理后，自动封装成北斗短报文通信协议规定的标准传输格式，利用北斗卫星的短报文通信传输技术，与北斗卫星进行远程通信，所述北斗卫星将封装后的水文信息数据转发至所述用户终端。因此，本发明实施例实现监测点对水文信息数据实时采集与取样，且利用北斗卫星的短报文通信传输技术与用户终端进行实时数据传输，实现数据监管中心及个人用户终端远程对数据采集点的监管、控制。