本发明公开了一种基于多线的内窥OCT抗干扰微血管成像算法及成像系统，该算法包括利用构建的多线内窥OCT成像系统进行数据采集；对当前帧采集的数据进行处理，计算OCT结构成像的频谱信息，生成OCT结构图像；对OCT结构图像进行血流信息提取计算，生成血流图像；对血流图像进行归一化处理，归一化的血流信息进行颜色标注，标注后的血流信息与结构图进行叠加；对叠加后的血流信息结构图进行主成分信息投影，生成血管投影成像；对投影后的信息进行三维空间信息的坐标转换，转为具有管状结构的三维空间信息。本申请可以利用单帧采集的数据进行频谱和结构化分析，得到血流图像，克服探头和组织抖动，结构简单能有效提取内窥微血管成像信息。