一种铁路北斗基准站控制网自动更新维护方法和系统，包括如下步骤：接收基准站观测数据，将所述观测数据进行解码，并按等时间间隔切割数据保存到本地磁盘中，定时进行格式转换；调用格式转换后的数据库；使用需要进行基线解算的两个基准站的同步观测数据、星历数据进行基线的三差预处理、双差浮点解算、双差模糊度固定和固定解反算；建立重复基线、同步环、独立闭合环检测，基线向量符合要求后，自动生成无约束网检测结果；对基准站控制网中所有通过检验的基线向量进行解算；判断北斗基准站控制网内各站点的稳定性。本发明解决了北斗基准站控制网的定期检核、不稳定点识别与剔除、坐标复测及更新、北斗基准站的维护。