本发明提供一种基于中压载波通讯机的FPGA程序加密方法，通过中压载波通讯机程序及秘钥1烧录；上电配置FPGA，进行部分启动读取秘钥；秘钥1替换为秘钥2；秘钥判断，若为秘钥1则利用加密算法对芯片ID（Device DNA）进行加密并记录结果，若为秘钥2，则读取加密结果并比较FPGA内部ID加密结果，并针对比较结果采取措施。本发明由于程序灵活性和复杂性，且对FLASH中的数据进行克隆，获得的程序文件不适用于其他设备，解决了对设备软硬件非法篡改、克隆的问题，对产品的信息安全进行了有效的保护，非常具有经济效益。