本发明属于新能源汽车技术领域，具体涉及一种燃料电池整车热管理系统控制方法及车辆，控制方法包括：当车厢内部有加热需求时，若燃料电池处于工作状态，则开启燃料电池余热利用和车载空调，当车厢温度达到设定目标温度时，仅关闭车载空调，燃料电池余热利用保持工作状态。通过燃料电池处于工作状态时，开启车载空调以及燃料电池余热利用，快速提升车厢温度，并且当车厢温度升高至设定目标温度时，关闭车载空调，此时燃料电池余热利用依旧保持工作状态，因燃料电池余热利用能够在一定时间内维持车内的温度，使车内温度不降低，所以通过保持燃料电池余热利用的开启状态，为车内传递更多热量，能够减缓车厢内温度下降。