本发明公开了一种三栖仿生扑旋翼微型飞行器，该飞行器包括气囊壳体、机翼、尾翼、腿部机构以及控制装置；气囊壳体内部充气，用于实现在水中漂浮；机翼包括驱动装置和反对称安装的两个扑旋翼；驱动装置与扑旋翼连接，用于驱动扑旋翼旋转和/或拍动；两个腿部机构对称安装于驱动装置的底部两侧，均设置有带鸭蹼状脚掌的金属弹簧腿；尾翼安装于驱动装置的顶部后侧；驱动装置以及控制装置均安装于气囊壳体内；腿部机构和机翼均安装于气囊壳体外部。上述微型飞行器具备空中飞行、地面跑动、水中游动的三栖运动能力。