本发明公开了一种利用酸碱交替腐蚀制备玻璃基板通孔的方法，包括如下步骤：S1：将激光改性后的玻璃基板浸没在弱酸液中，搅拌循环，在第一温度下腐蚀改性区域使通孔出口直径增加第一预设值；S2：浸没在碱液中，搅拌循环，在第二温度下清洗并使通孔出口直径增加第二预设值；S3：浸没在强酸液中，在第三温度下超声清洗预设时间；重复步骤S1、S2、S3中至少两个步骤循环腐蚀通孔至目标出口直径。本发明通过利用酸液和碱液与玻璃基板交替反应，溶解并清除玻璃基板改性区的反应生成物，保证通孔锥度和孔径的良率。