本发明公开了一种在细菌全基因组水平上高通量筛选免疫原性抗原蛋白的方法，该方法主要为三部分，第一部分是构建展示细菌蛋白的裂解性噬菌体文库，第二部分是利用噬菌体免疫共沉淀技术对噬菌体文库进行筛选，第三部分为二代测序结合生物信息学分析筛选出潜在的细菌高免疫原性的抗原蛋白。本发明提供的是一种细菌全基因组水平上、无偏好、高通量筛选免疫原性抗原蛋白的方法，该方法操作简便、成本低且可重复性强，在制备细菌的亚单位疫苗以及检测和诊断方面具有重要价值和应用潜力。