本发明提供一种复杂地质条件下钢栈桥基础施工方法，包括以下的步骤：搭设板凳式矮栈桥；在矮栈桥的一侧搭建同类型钻孔平台，所述钻孔平台和矮栈桥相接；在钻孔平台上进行高栈桥的基桩施工，基桩采用旋挖钻引孔，浇筑握裹式钢管混凝土锚固桩，高栈桥的基桩施工完成后，拆除钻孔平台；搭设高栈桥，在高栈桥搭设完毕后，拆除矮栈桥。本发明通过枯水期先搭设矮栈桥，并利用矮栈桥进行高栈桥锚桩施工，枯水期形成高矮栈桥共存的局面，洪水期高栈桥具备足够的抗洪能力。