本发明提供了一种筛选获得区分脑积水和蛛网膜囊肿分子标记物的系统，属于生物信息学技术领域。本发明首次提供了一种基于蛋白质组学和网络分析的方法来筛选获得区分脑积水和蛛网膜囊肿分子标记物，以及筛选获得脑积水或蛛网膜囊肿潜在治疗靶点和潜在治疗药物，对于提高临床脑积水和蛛网膜囊肿治疗有重要意义。本发明系统基于差异表达分析识别鉴定了脑积水的149个上调蛋白和82个下调蛋白，这些蛋白能够用于对患者进行分层。另外，本发明系统基于网络分析方法确定的74种药物和49种药物靶点能够改善脑积水目前已有的治疗策略。