本发明公开了一种双模基片集成波导谐振器，包括金属顶层、介质基板和金属大地，所述金属顶层设置于所述介质基板的顶面，所述金属大地设置于所述介质基板的底侧，所述金属顶层与所述金属大地之间通过若干贯穿所述介质基板的横向金属化过孔带以及纵向金属化过孔带相互连接，所述横向金属化过孔带由若干横向排列的金属化过孔形成，所述纵向金属化过孔带由若干纵向排列的金属化过孔形成，且若干横向金属化过孔带位于金属顶层的宽边边缘，若干纵向金属化过孔带位于两侧横向金属化过孔带之间，位于金属顶层中部的纵向金属化过孔带具有无孔地带。本发明能够产生具有相向水平电场分布的双模、独立调控模式频率使双模彼此相邻，并提高模式频率的调控能力。