本发明公开了一种计及新能源接入的牵引供电系统负序治理方法，具体为：采集公共连接点、新能源机组并网逆变器出口处、牵引供电系统出口处的电压电流，通过序分量分解计算各个电气量的不平衡度；建立电网‑牵引供电系统‑新能源机组的电压不平衡传播模型；以电压不平衡国标限值为约束，根据电压不平衡传播模型，计算公共连接点的补偿电流参考值；考虑新能源的剩余容量，计算牵引供电系统SVG和并网逆变器的负序电流指令。本发明充分利用新能源机组并网逆变器设备的剩余容量，节省了牵引变电所补偿装置投资成本，改善了电网电能质量，提高了设备利用率。