本发明公开了模数转换器以及量子计算机控制系统。模数转换器中，第一电容阵列电路和第二电容阵列电路包括相同数量的电容电路，电容电路包括两个容值相同的电容以及两个受控开关，两个电容的一端相互连接作为接入端，每个电容的另一端通过一个受控开关连接第一基准电压或第二基准电压，并且相同权重位所对应的电容电路的电容的容值相同；第一电容阵列电路的接入端和采样开关电路的第一输出端均连接比较器的正相输入端，第二电容阵列电路的接入端和第二输出端均连接反相输入端；逻辑电路与比较器的两个输出端以及所有受控开关连接。通过上述方式，本发明能够利用两个基准电压得到等效的共模电平，减少开关线路，降低时序控制复杂度。