本发明属于生物工程技术领域，涉及工业微生物的育种，特别涉及一种底盘敲除菌株及其应用。所述解淀粉芽孢杆菌基因工程菌株，不表达解淀粉芽孢杆菌基因组上的六种胞外蛋白酶基因aprE，bpr，vpr，mpr，nprE，epr，胞外多糖基因簇eps，聚谷氨酸基因簇pgs和sacB基因构建底盘菌，并在此基础上异源表达角蛋白酶基因kerk、氨肽酶基因ywaD、碱性蛋白酶基因AprE，最终获得了一种解淀粉芽孢杆菌底盘菌株及能够高产角蛋白酶、氨肽酶以及碱性蛋白酶的生产菌株，为构建蛋白酶高产菌株提供了新的思路。