本发明公开了一种利用指纹图谱检测黄鱼鳔的方法，包括以下步骤：步骤1：黄鱼鳔供试品溶液的制备；步骤2：精密定量吸取供试品溶液注入液相色谱仪，记录色谱图；步骤3：将步骤2中获得的黄鱼鳔指纹图谱导入中药色谱指纹图谱相似度评价系统，选择不同批次黄鱼鳔供试品色谱图中均存在的色谱峰作为共有峰，采用平均值计算法生成黄鱼鳔的对照指纹图谱；步骤4：对黄鱼鳔指纹图谱中的典型共有峰进行液相制备分离纯化，获得代表性多肽成分；步骤5：基于液质联用分析代表性多肽，根据质谱碎裂特点及碎片离子信息与数据库进行比对，从而实现样品的表征。本发明所提供的黄鱼鳔指纹图谱，能全面、客观地表征黄鱼鳔的质量，能够用于鱼鳔品种的真伪鉴定。