本发明提供了一种基于AMBA总线的FPGA硬件抽象层控制系统和方法，包括：发送FIFO模块：用于缓存波形组件需要发送出去的消息；接收FIFO模块：用于缓存收到的发送给波形组件的消息；发送控制模块：用于控制消息发送路由；接收控制模块：用于控制消息接收路由；配置管理模块：用于配置更新LD‑PD映射表，并提供PD查询功能；数据搬移模块：用于GPP计算单元侧FIFO与FPGA计算单元侧内存之间数据的搬移。本发明具有较高的吞吐率和较低的传输时延，可广泛应用于数据量大、运行实时性要求较高的通信系统。