本发明公开了一种耐热右旋糖酐酶的制备方法及制备装置，其中制备方法包括如下步骤：S1霉菌培养、S2霉菌粗制、S3霉菌纯化。将淡紫拟青霉菌接种到发酵培养基所在的培养皿中进行活化，活化后进行液体发酵形成发酵液。对发酵液进行离心处理，去除沉淀，取上清液制备成粗酶液。利用交联右旋糖酐的磁珠处理粗酶液，通过改变缓冲液浓度、处理温度，实现酶与磁珠的结合与分离，获得纯化后的耐热右旋糖酐酶。采用磁珠法分离纯化右旋糖酐酶，使所制备出的耐热右旋糖酐酶具有较好的耐热性和热稳定性，在45‑60℃范围内该酶均具有较高的催化活力，粗酶液在不添加任何保护剂的情况下，在4℃保存近1个月也能保持较高活力，适合应用于制糖生产。