本发明提供了一种六亚甲基二异氰酸酯绿色制备的方法和系统，通过串联的第一热分解反应装置、第二热分解反应装置；选用由低沸点热载体和高沸点热载体组成的双组分热载体；设置第一分凝器及第二分凝器。本发明有益效果：避免产物六亚甲基二异氰酸酯在高温下停留时间过长，从而避免其进一步发生聚合反应；使热分解反应生成的副产甲醇不断被低沸点载体携带出反应体系之外，促使热分解反应不断正向进行；避免因低沸点热载体大量流失导致异氰酸酯浓度升高，致使副反应加剧；有效降低异氰酸酯浓度，避免聚合副反应的发生。