本发明公开了一株经分离得到的猪流行性腹泻病毒变异株及其应用。属于生物技术领域。本发明发明人采集辽宁某猪场腹泻仔猪的小肠，将阳性病料接种Vero E6细胞分离病毒并继代，期间进行2次噬斑克隆，并通过RT‑PCR、间接免疫荧光试验和透射电镜鉴定，最终证实成功分离纯化得到一株猪流行性腹泻病毒变异株，命名为LNct2a，保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号为：CGMCC No.45224。将本发明分离的PEDV变异株LNct2a株制成灭活疫苗免疫仔猪后，免疫原性和安全性皆十分良好，可产生较高的中和抗体，最高可达1000倍以上。本发明的提出为猪流行性腹泻的防治提供了有效的技术手段。