本发明的目的在于提供一种采用加氢活性重整的柴油氨双燃料发动机燃烧系统及燃烧方法，包括单共轨双喷油器、氨燃料喷射器、氢气喷射器等，为实现发动机燃料喷射精度控制，氨燃料采用进气道多点喷射方式实现供给，柴油燃料采取单共轨双喷油器实现高低流量喷射方式完成供给。本发明根据柴油/氨双燃料发动机运行工况，采用纯柴油燃烧模式与双燃料燃烧模式两种工作模式，同时采用米勒循环优化活塞做工以及双重重整提高氨燃料燃烧活性，降低发动机全工况运行条件下污染物排放。