本申请涉及一种M型门式墩沉降测量方法及系统，涉及墩身沉降观测技术领域，包括在进行墩身沉降返测时，对目标门式墩中其中一个边墩柱上的沉降观测标进行测量得到第一测量结果；基于第一测量结果并将相邻门式墩上的沉降观测标作为连接点传递高程，以对目标门式墩中其他墩柱上的沉降观测标进行测量；待所有目标门式墩测量完毕后，对所有目标门式墩的返测结果及往测结果进行平差，得到平差结果；基于平差结果确定出每个目标门式墩的沉降。本申请利用相近墩身的沉降观测点位作为连接传递高程，以适当跳过同一墩身的个别点位进行门式墩沉降观测，进而减少测站数和转点，提高了墩身沉降观测精度，并缩短大量观测时间和减少人员投入，提高了测量效率。