本发明公开了一种无人机频域多频电磁探测方法及探测系统，探测方法包括以下步骤：S1、确定待探测区域；S2、对待探测区域规划两条探测路线；S3、控制1号、2号无人机探测模块分别按照两条探测路径进行区域探测操作；S4、将探测到的数据信息合并得到探测区域数据图纸；S5、对探测区域数据图纸进行检测；当存在冲突时，进行步骤S6；S6、令检测无人机探测模块进行再次探测操作；S7、通过再次探测结果生成新的探测区域数据图纸；S8、重复步骤S5～S7，直至输出符合探测要求的探测区域数据图纸。探测系统包括探测范围模块、路线规划模块、无人机控制模块、1号和2号无人机探测模块、探测数据合并模块、数据检测模块、数据输出模块。