本发明公开一种地层隧道施工沉降预测方法及系统，涉及隧道施工领域，该方法包括：获取单线隧道设定横断面的第一地表沉降实测数据；对第一地表沉降实测数据进行拟合，获得设定横断面的地表沉降曲线；根据地表沉降曲线确定地层损失；获取双线隧道的设定观测点的第二地表沉降实测数据；通过双线隧道地表沉降叠加原理，确定第二地表沉降实测数据的地表沉降最大沉降值修正系数和沉降槽宽度修正系数；根据地层损失、地表沉降最大沉降值修正系数和沉降槽宽度修正系数确定修正后的双线隧道地表沉降Peck预测公式；通过修正后的双线隧道地表沉降Peck预测公式预测双线隧道地表沉降值。本发明降低了表层沉降预测的成本。