发明提供了一种基于深度迁移学习的肺癌病理诊断系统，包括：数字化处理癌区标注模块，收集选定时段的现有肺部组织切片通过数字化转换处理形成肺部组织数字病理切片，进行数字集合划分及癌区像素级标注；预处理过滤分割识别模块，对肺部组织数字病理切片进行预处理，通过算法过滤切片背景区域，通过二分类语义分割建立肺部癌区像素级识别模型；迁移学习二次调优模块，对肺部癌区像素级识别模型进行训练，通过迁移学习方法使用肺癌训练数据对肺部癌区像素级识别模型参数进行二次训练调优；肺癌病理诊断预测模块，对迁移学习肺癌辅助诊断模型通过多个评估指标进行性能评估，输出肺癌病理诊断预测结果。