本发明公开了一种基于显微镜图像的藻类检测方法及系统，包括以下步骤：S1：采集水样不同液层的图像数据，获得序列图像；S2：计算所述序列图像的清晰度；S3：从所述序列图像中筛选出清晰度满足预设要求的图像数据；S4：构建藻类深度学习模型，利用所述藻类深度学习模型，在筛选出来的每张清晰图像上检测藻类种属和对应的像素坐标；S5：对所有筛选出来的清晰图像上检测出来的藻类结果进行合并，实现单视野下多液层藻类检测的目标。本发明将不同液层采集的清晰图像数据进行藻类检测与识别，然后将它们的检测结果进行合并，可以实现单视野下多液层藻类检测的目标。