一种配电网动态拓扑辨识方法、系统、设备及存储介质，方法包括根据配电系统接线图构建配电系统静态拓扑的网络图模型；设置网络图模型可能发生的拓扑变化集合，并进行潮流计算，得到每个运行状态下配电网各节点的电气量；以每个运行状态下配电网各节点的电气量为节点特征、以对应运行状态下的配电网各线路连接状态为标签，构建模型离线训练样本集；通过模型离线训练样本集对图神经网络模型进行训练并部署；获取在线量测数据并转化为图结构数据输入图神经网络模型，输出配电网拓扑辨识结果，并与配网开关的遥信信号进行对比，校核开关变位信息是否一致，若一致，则输出配电网拓扑辨识结果。本发明能够提升配电网动态拓扑的在线辨识速度与精度。