本发明属于海洋声速剖面数据压缩技术领域，尤其涉及一种基于AE自编码器的高分辨率声速剖面数据压缩方法。以高分辨率海洋再分析产品提供全球海域的数据，采用声速公式转换获得特定海域的海水声速剖面数据；用滑动插值方法补全高分辨率声速剖面数据集中的缺失数据，将归一化处理后的数据集划分训练集、测试集、验证集；搭建AE自编码器声速剖面数据压缩与重构网络，利用训练集与验证集对该网络进行迭代训练；采用训练好的AE自编码器声速剖面数据压缩与重构网络，压缩目标数据并重构，并评价其压缩性能。本发明提供了一种基于AE自编码器的高分辨率声速剖面数据压缩方法，显著压缩了海洋高分辨率声速剖面的数据量，并能够高精度地重构数据。