本发明公开了一种基于EEG、ERP、BAEP和SEP的意识障碍脑功能预测方法，属于意识障碍分析技术领域。包括步骤：S1、采集信号进行标记，进行预处理，得到预处理信号集；S2、构建全频带PLV矩阵和PSD各成分矩阵；S3、使用两种重排策略构建具有欧式特征的输入；S4、构建卷积神经网络模型，进行参数训练；S5、基于上述训练好的卷积神经网络模型，冗余信号去除；S6、重构训练集和测试集，进行训练和验证；S7、获得患者的最终预测结果以及预测结果的可信度；S8、根据S7中的预测结果对患者实施相应的经颅磁刺激。本发明基于EEG、ERP、BAEP和SEP信号对患者进行大脑功能损伤程度的评估、监控以及预测促醒，并通过经颅磁刺激进行促醒治疗。