本发明提供了适用于小微水体之间连通净化水质的砾石基质生态排水沟，包括沟体、溢流坝和隔板，溢流坝将沟体分隔为顺序连通的砾石厌氧段、砾石缺氧段和砾石好氧段，砾石厌氧段通过溢流坝与砾石缺氧段相连通，好氧段通过溢流坝外接小微水体，砾石缺氧段的顶部设置有隔绝空气用的隔板。本发明利用生态砾石床作为沟渠基底，构建生态沟，能够充分利用原有技术的有点，相互补充，可在砾石表面形成生物膜，在污水和生物膜接触时，利用生物膜中微生物的氧化分解作用使污水得到净化，对SS具有比较稳定的处理效果，生态沟及边坡上的植物能够吸附水中的氮磷等营养物、拦截悬浮颗粒物、为微生物提供生境，具有强大的水体净化能力和景观改善效果。