本发明提供一种循环冷却水运行控制方法，应用于循环冷却水系统，包括：S1、循环冷却水生化处理；S2、计算浓缩倍数N；S3、根据循环冷却水的浓缩倍数、pH及瞬时腐蚀速率的预测值对进行运行控制。本发明所述的循环冷却水运行控制方法采用添加微生物菌剂方式调控循环冷却水系统pH，防止循环冷却水系统结垢，实现循环冷却水高浓缩倍率运行；通过对金属腐蚀速率趋势的预测，进行预先调控以降低循环冷却水系统腐蚀风险；可实现pH、电导率、以及金属腐蚀速率在线监测，硬件投入少，改造成本低。