本发明发明了一种鉴定水稻功能基因的引物组、试剂盒及应用。该引物组包括：第1引物对至第30引物对，每个引物对均包括正向引物和反向引物，第1引物对的正向引物、第1引物对的反向引物至第30引物对的正向引物和第30引物对的反向引物依次如序列表中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：60所示。本发明实施例提供的引物组及试剂盒，通过多重扩增和高通量测序获得待测样本中目标基因的数据是一条条的碱基序列，分辨率达到单碱基水平，数据准确性和信息化程度高，可以通过序列分析软件一次性对成百上千个样品进行序列比对分析，快速统计待测样本中目标性状基因的序列，易于鉴别多等位基因型和新型等位基因，且准确率高重现率高。