本发明涉及穿越活动断层隧道结构抗震技术领域，涉及一种穿越活动断层隧道结构内力计算方法、系统及存储介质，其包括以下步骤：一、获取活动断层位错曲线；二、建立穿越活动断层隧道结构内力计算模型；三、基于有限差分法及Euler‑Bernoulli梁理论，计算隧道结构纵向变形uy；四、基于有限差分法及Euler‑Bernoulli梁理论，计算隧道结构水平向变形ux、竖向变形uz；五、基于有限差分法及Euler‑Bernoulli梁理论，计算隧道结构内力。本发明能较佳地计算穿越活动断层隧道结构内力。